在實際經營過程中，由于部分行業的個人獨資企業會計賬簿不健全，資料殘缺難以查賬，稅務機關可以采用合理的方法依法核定其應納稅款，也就是我們所稱的核定征收。

取得核定征收的個人獨資企業，如其年收入不超過500萬元人民幣時，可按小規模納稅人繳納增值稅即3%；個人所得稅則通常由稅務機關核定其利潤率確定應納稅所得額后，再根據上述對應的稅率來計算應納稅額。

舉例來說，假設某個人獨資企業的年收入為120萬元人民幣，其利潤率核定為10%，則其應繳納的個人所得稅為：120萬元*10%*20%-10500元=13500元。